纯电动汽车和燃料电池汽车的主要区别在于它们的动力源和能量转换方式。

1、动力源：纯电动汽车的动力源是蓄电池，而燃料电池汽车的动力源是燃料电池。

2、能量转换方式：纯电动汽车的蓄电池通过充电来获取电能，然后向电动机提供电能以驱动车辆行驶。而燃料电池汽车则是通过氢气和空气中的氧在催化剂的作用下，在燃料电池中经电化学反应产生电能，作为主要动力源驱动车辆行驶。

总的来说，纯电动汽车和燃料电池汽车在动力源和能量转换方式上有明显的区别。